Cikal bakal berdirinya Fakultas Ilmu Komputer dan Manajemen (FIKOM) Universitas Sains dan Teknologi Jayapura (USTJ) dimulai pada Tahun 1993 dengan dibukanya Program Studi Aplikasi Komputer Diploma I (ketika itu pada masa Akademi Teknik Jayapura – ATJ). Pada tahun 1995, Akademi Teknik Jayapura (ATJ) berubah bentuk menjadi Sekolah Tinggi Teknik Jayapura (STTJ), ketika itu salah Program Studi yang dibuka adalah Program Studi Teknik Informatika Diploma Tiga (D3).
Seiring dengan perubahan kelembagaan dari Sekolah Tinggi Teknik Jayapura (STTJ) menjadi Institut Sains dan Teknologi Jayapura (ISTJ) pada tahun 1999, Program Studi Manajemen Informatika D3 dan Program Studi Teknik Informatika S1 dibuka. Ketika itu Program Studi Teknik Informatika D3, Teknik Informatika S1 dan Manajemen Informatika D3 bernaung di bawah Fakultas Teknologi Industri (FTI).
Pada tahun 2003, ketika Institut Sains dan Teknologi Jayapura (ISTJ) berubah bentuk menjadi Universitas Sains dan Teknologi Jayapura (USTJ), salah satu fakultas baru yang dibuka adalah Fakultas Ilmu Komputer dan Manajemen (FIKOM). Selanjutnya pada Tahun 2006 Program Studi Sistem Informasi S1 dibuka. Sehingga program studi yang dikelola FIKOM-USTJ adalah sebagai berikut: